在清理完后宫后，而朝堂上，他要做的更多，他要改制。

在王瑾看来，大晋如今的制度过于松散，地方官员权力过大，对中央集权不利。

他决定设立政务院，挑选政务大臣。

政务大臣的职责是每日觐见皇帝，商议处理军国大事，根据皇帝的旨意起草诏令，再传达给中央各部和地方官员执行。

此外，他们还负责处理奏折，为皇帝提供决策参考，参与重要案件的审理等。

另外再配备政务辅官，协助政务大臣，构成简单没有庞大的官僚体系。

这要比三公九卿的制度办事效率高，政务大臣常侍皇帝左右，皇帝有旨随时承办，且流程简化，能迅速处理各种事务。

王瑾把政务院办公地点直接设置到皇宫内庭中，接近皇帝寝宫，非政务大臣及相关工作人员不得擅入，机密性远比从前。

中央再设有六部（吏、户、礼、兵、刑、工）等机构，各有其职。

吏部：掌管官员任免、考核、升降等事务。

户部：负责管理全国土地、户籍、赋税、财政收支等。

礼部：主管礼仪、祭祀、科举考试、学校教育以及藩属和外国往来事务。

兵部：统管全国军事行政事务，包括武官任免、兵籍、军事训练等。

刑部：为全国最高司法机关，负责审定各种法律，复核各地送部的刑名案件。

工部：掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等事务。

另外增设了四院一寺。

理事院：专门管理边境内或边境异族事务，也处理与外国的交涉事务。

监察院：是全国最高监察机关，负责监察各级官员，弹劾违法违纪行为，还参与司法审判等事务。