一直到2001年4月，水下考古队对沉船进行了精确的定位。

2002年3月至5月间，水下考古队再度下水，对海底沉船进行细挖掘、细打捞，打捞出文物4000多件。

2004年，“南海一号”整体打捞方案确定。

2007年1月16日，考古队前往沉船海域开展打捞前最后一次海底勘查，之后进行了持续9个多月的打捞。

2007年12月21日，“南海一号”古沉船起吊，12月22日上午10时，在现场举行“南海一号”出水仪式。

南海一号木船体残长约22.1米，船体保存最大船宽约9.35米。清理船载文物的工作一直在持续，截至到去年年底，已经清理出十四万余件金、银、铜、铁、瓷类文物，多数都是十分罕见甚至绝无仅有的文物珍品。

南海一号，是迄今为止世界上发现的海上沉船中年代最早、船体最大、保存最完整的远洋贸易商船，它为复原海上丝绸之路的历史、陶瓷史提供极为难得的实物资料，甚至可以获得文献和陆上考古无法提供的信息。对研究我国乃至整个东亚、东南亚的古代造船史、陶瓷史、航运史、贸易史等有着重要意义。

南海一号的故事很多人都知道，方大石然后道，“英国海洋探测公司当年没找到莱茵堡号古沉船，后来又自己悄悄找了三年。”

“他们没有放弃？”林如海惊讶道。

方大石摇头道，“没有，我曾经受雇于英国人，潜入海底寻找。”说到这里，方大石放低声音道，“我发现了一些东西，只是没有告诉英国人，那是去年的事情，去年年底，英国人终于放弃离开了。”

林如海眯了眯眼睛，低声笑道，“这么说你找到了？”